Ese verano, tercera equipacion real madrid el Real Madrid adquirió a Cristiano Ronaldo por una cifra récord de 80 millones GBP. Tras un brillante inicio, la liguilla se complica al final, y el Cádiz se disputa el ascenso en el Campo de Mirandilla, el 5 de mayo de 1940 ante el Real Murcia. Esta derrota marcará mucho el devenir de las siguientes temporadas; el desánimo se apodera de la afición y tras permanecer tres temporadas más en Segunda División el equipo desciende a Tercera, de forma que al inicio de la temporada 1943-44 la crisis deportiva y económica obligan al Cádiz a unirse con el CD Hércules, naciendo la nueva entidad Hércules de Cádiz CF, que competirá en el Grupo VIII de la Tercera División.
