Los primeros años en 2ªB registraron altibajos hasta que el Numancia se estabilizó en esa categoría que ya aparecía en los marcadores de los programas de radio y de los periódicos. Para el presidente Moisés Israel la única solución es anular los descensos y ampliar la categoría a 24 equipos. En el 2007 el Necaxa logró su pase a la Copa Libertadores 2007, siendo campeón del Torneo InterLiga 2007. Ya en la Copa Libertadores de América de ese año (siendo hasta ahora, su única participación en el certamen), en la fase de grupos, el Necaxa no perdió un partido de local, logrando su pase como primer lugar del Grupo 2, seguido por el Sao Paulo de Brasil y el Audax Italiano de Chile; El Necaxa fue eliminado en octavos de final por el Nacional de Uruguay, hay que recordar que el partido de vuelta, donde el Necaxa tenía la localía, un concierto de la cantante colombiana Shakira, impidió que el juego se realizara en Aguascalientes (Shakira cantó en el Estadio Victoria) y el Necaxa tuvo que jugar su partido de vuelta en su antigua sede, el Estadio Azteca de Ciudad de México, donde solo necesitaba de un gol, para clasificarse (perdió 2-3 en Uruguay), pero a pesar de eso, los Uruguayos lograron anotar en 4.º gol y con ello, equipcaiones real madrid 2023 clasificarse a la siguiente ronda.
