Sin embargo, nuevamente el equipo remontó el resultado catorce días después, cuando vencieron por un 5-1 accediendo así a la final tras una prórroga. El equipo de Munúa tuvo un buen desempeño por la Copa Libertadores, siendo eliminado por penales por Boca Juniors. Bajo la conducción de Pelusso, Nacional realizó su peor campaña histórica por Copa Libertadores 2014, equipacion del real madrid cosechando apenas un punto en la fase de grupos.
